Awal berdirinya SMAK Karitas III Surabaya pada tanggal 18 Juli 1983 terletak di Jl. Darmo Permai Selatan XII/12 yang merupakan rumah seorang umat Gereja Katolik Paroki St. Aloysius Gonzaga. Seiring perkembangan waktu siswa menjadi lebih banyak lalu umat mengajukan menjadi sekolah katolik atas prakarsa RD. FX. Uroto Sastro (Alm) sehingga didirikan sebuah bangunan sekolah katolik SMAK Karitas III di Jl. Simpang Darmo Permai Utara VII/11 Surabaya sampai saat ini.

Pada saat itu sekolah SMAK Karitas III berada dibawah naungan Yayasan Wijana Sejati, dimana pengurus yayasan lembaga ini terdiri dari umat Gereja Katolik St. Aloysius Gonzaga. Setelah mengalami perkembangan dan dirasa perlu manajemen yang lebih sistematis agar sekolah tetap dapat melayani dan memberikan mutu pendidikan yang terbaik bagi anak didik dan kesejahteraan bagi SDM yang mengabdi di SMAK Karitas III maka sekarang SMAK Karitas III menjadi salah satu sekolah katolik di Keuskupan Surabaya dibawah naungan Yayasan Yohannes Gabriel Perwakilan I Surabaya dengan tujuan untuk membentuk pribadi mandiri.